由于咖啡中含有的咖啡因、单宁酸等成分可能与药物相互作用，影响吸收、代谢，从而导致药物疗效不佳，或产生副作用，特别是这些是某些抗生素、利尿剂、抗抑郁药、血压药和铁补充剂等；另外，咖啡还容易加重刺激胃肠道引起不适症状，故通常不建议服药以后立刻饮用咖啡。在服用药物之前，最好咨询医生或药师的意见，并遵循专业建议。

一般建议，服下面几类药物更需注意（以下引用自环球健康）：

喹诺酮类抗菌药。常见的如左氧氟沙星、莫西沙星等，不宜与茶碱及咖啡因同时服用,它们可抑制肝脏中药物代谢酶的活性，使血药浓度升高而引起中毒，英国曾有因此中毒死亡的报告。

口服避孕药。绝大多数口服避孕药也可干扰咖啡因的代谢，使咖啡因在体内的停留时间会比平常延长4小时左右，可能引起机体的不适。并且咖啡碱可使药效降低甚至失效。

解热镇痛药。很多复方感冒药中含有解热镇痛成分，会减少前列腺素合成，后者对胃黏膜有保护作用。咖啡因会刺激胃酸分泌，加重刺激胃黏膜。严重时可引起胃烧灼感、胃出血等危险。

安眠药。失眠患者一定要避免饮用咖啡。一些镇静催眠的安眠药，如地西泮、阿普唑仑等也要避免与咖啡同服，因为咖啡因能引起神经中枢的兴奋，会加重失眠症状，也会与这些药物发生拮抗。

利尿药。咖啡因可以促进肾脏的机能，有利尿作用。如果同时服用氢氯噻嗪、呋塞米等具有降压作用的利尿剂，使利尿作用增加，易造成体内钠离子的过度流失。

甲状腺激素药。服用甲状腺激素药的患者，如果同时喝咖啡，药物吸收效果会降低约一半。临床中也屡次发生患者由于喝咖啡导致甲状腺素钠减弱药效的情况。

抗骨质疏松药。咖啡因可降低人体对钙质的吸收，引起骨质疏松。另外，咖啡因也会降低人体对抗骨质疏松药阿仑膦酸钠60%的吸收率，致使人体的钙质进一步流失。因此，骨质疏松的患者不宜长期服用咖啡。

维生素。咖啡因可与维生素B结合，降低药物在体内的吸收，因此补充B族维生素时尽量不要饮用咖啡。